Περαιτέρω οδηγίες για την μείωση του χρόνου επιστροφής του ΦΠΑ στους αγρότες, παρέχει με σχετική απόφαση του το υπουργείο Οικονομικών την οποία υπογράφει ο αναπληρωτής υπουργός, Παντελής Οικονόμου. Σύμφωνα με την απόφαση, οι αγρότες του
ειδικού καθεστώτος μπορούν να υποβάλουν αιτήσεις επιστροφής ΦΠΑ για το 2012 είτε στις Δ.Ο.Υ. φορολογίας εισοδήματος του αγρότη (σε περίπτωση που η αίτηση γίνεται από τον ίδιο τον αγρότη) είτε στη Δ.Ο.Υ. της περιοχής όπου βρίσκεται η έδρα της συνεταιριστικής οργάνωσης.
Αναλυτικά η απόφαση του υπουργείου Οικονομικών αναφέρει:
Κατά παρέκκλιση των διατάξεων της παραγράφου 1 της ΑΥΟ ΠΟΛ 1084/2012, οι αιτήσεις επιστροφής μπορούν να υποβάλλονται και στη ΔΥΟ που είναι αρμόδια για τη φορολογία του εισοδήματος του αγρότη, στην περίπτωση που η αίτηση επιστροφής υποβάλλεται απ’ ευθείας από το δικαιούχο αγρότη, ή στη ΔΥΟ στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας βρίσκεται η έδρα της συνεταιριστικής οργάνωσης, στην περίπτωση που η αίτηση επιστροφής υποβάλλεται μέσω συνεταιριστικής οργάνωσης.
Στην περίπτωση υποβολής αιτήσεων επιστροφής σε ΔΥΟ που δεν διαθέτει τμήμα ελέγχου, η ΔΥΟ αυτή πραγματοποιεί τον προληπτικό έλεγχο που προβλέπεται στην παράγραφο 4 της ΑΥΟ ΠΟΛ 1084/2012 και σε περίπτωση που κρίνεται απαραίτητο, ζητείται η διενέργεια φορολογικού ελέγχου από τη ΔΥΟ που διαθέτει τμήμα ελέγχου, σύμφωνα με την παράγραφο 1 της ΑΥΟ ΠΟΛ 1084/2012. Στην περίπτωση αυτή η απόφαση και το ΑΦΕΚ για την επιστροφή εκδίδεται και εκκαθαρίζεται από τη ΔΥΟ που διενεργεί τον έλεγχο.
Μετά την ολοκλήρωση της επιστροφής, οι ΔΥΟ που δεν διαθέτουν τμήμα ελέγχου διαβιβάζουν τις αιτήσεις επιστροφής στη ΔΥΟ που διαθέτει τμήμα ελέγχου σύμφωνα με την παράγραφο 1 της ΑΥΟ ΠΟΛ 1084/2012, προκειμένου για τη διενέργεια ελέγχου που προβλέπεται στην παράγραφο 10 της ίδιας απόφασης.
