Βλέποντας την σοβαρότητα και τον επαγγελματισμό της δουλειάς του στα τμήματα υποδομή τους , ήταν θέμα χρόνου από τους ανθρώπους του Απόλλωνα Λιτοχώρου να
παραδώσουν το τιμόνι όλου του οικοδομήματος της ομάδος τους στον Γιάννη Μυστακίδη.
Αναλαμβάνει λοιπόν να αναδιοργάνωση και να αναβάθμιση της ακαδημίες του Απόλλωνα σαν τεχνικός διευθυντής στα τμηματα υποδομης και προπονητής του ανδρικού τμήματος.
Ο καταξιωμένος τεχνικός συμφώνησε με τους ανθρώπους της ομάδος και αναλαμβάνει άμεσα όλα τα νέα του καθήκοντα.
Το μόνο που απομένει είναι η επίσημη ανακοίνωση με την όποια γνωστοποιείτε η συνεργασία των δυο πλευρών .
Μετά την επαγγελματική ποδοσφαιρική καριέρα του, ακολούθησε την προπονητική και από το 2004 είναι κάτοχος διπλώματος UEFA B’.
Έχει συνεργαστεί με ομάδες όλων των εθνικών κατηγοριών στο κομμάτι της ανάπτυξης, κατευθύνοντας ομάδες υποδομής όλων των βαθμίδων (Σχολή Ολυμπιακού, Πιερικός, Αιγινιακός, Βατανιακός), αλλά και με τα κλιμάκια των εθνικών ομάδων, μέσω των «μικτών» της ΕΠΣ Πιερίας.
Παρακολουθεί τα τελευταία χρόνια επιμορφωτικά σεμινάρια οργάνωσης και λειτουργίας ακαδημιών ποδοσφαίρου στη Γερμανία (Καρλσρούη και Στουτγάρδη), ενώ συνεργάζεται και ως σκάουτερ στην Ελλάδα, με Γερμανικά και Ελβετικά γραφεία αντιπροσώπευσης ποδοσφαιριστών.
Είναι μέλος του συνδέσμου προπονητών Πιερίας και καθηγητής Προπονητών Αθλημάτων στην ειδικότητα του ποδοσφαίρου στο ΔΙΕΚ Σίνδου.
Είναι παντρεμένος και πατέρας τριών παιδιών.
