στην εξουσία του σκληροπυρηνικού συντηρητικού «σεφαραδίτη» Αριέλ Σαρόν και των μικρών θρησκευτικών κομμάτων, που τον υποστήριζαν.
Οι συνεχιζόμενοι εβραϊκοί εποικισμοί μέσα στα αυτόνομα παλαιστινιακά εδάφη έφεραν τη δεύτερη ιντιφάντα(«ταρακούνημα» στα αραβικά) το φθινόπωρο του 2000. Στις 28 Σεπτεμβρίου 2000, ο Αριέλ Σαρόν, βουλευτής τότε στην αντιπολίτευση, επισκέφθηκε τον περίβολο του μουσουλμανικού τεμένους Αλ Ακσά στην Ιερουσαλήμ, που θεωρείται ο τρίτος πιο ιερός χώρος για το Ισλάμ.
Η ενέργειά του αυτή θεωρήθηκε βέβηλη και προκλητική από το μουσουλμανικό στοιχείο κι έδωσε την αφορμή για την έναρξη βίαιων επεισοδίων. Εικάζεται ότι ο Σαρόν με την πράξη του αυτή επιδίωκε να σταματήσει τις ειρηνευτικές προθέσεις της «εργατικής» κυβέρνησης του πρωθυπουργού Εχούντ Μπαράκ. Τον επόμενο χρόνο, ο Σαρόν θα εκλεγεί πρωθυπουργός του Ισραήλ.
Η βία που ξέσπασε κράτησε περί τα πέντε χρόνια. Οι Παλαιστίνιοι χρησιμοποίησαν ως όπλο αρχικά τον πετροπόλεμο και στη συνέχεια τις επιθέσεις αυτοκτονίας, ενώ οι Ισραηλινοί ξεδίπλωσαν όλη την γκάμα της στρατιωτικής τους μηχανής. Για να αποφύγουν τις επιθέσεις αυτοκτονίας, πραγματοποίησαν εκτεταμένες στρατιωτικές επιχειρήσεις μέσα στα παλαιστινιακά εδάφη και άρχισαν να χτίζουν ένα τείχος κατά μήκος της Δυτικής Όχθης.
Το τέλος της δεύτερης ιντιφάντα τοποθετείται είτε στο θάνατο του ιστορικού ηγέτη των Παλαιστινίων Γιασέρ Αραφάτ (11 Νοεμβρίου 2004), είτε στη συνάντηση του Σαρμ Ελ Σέιχ (8 Φεβρουαρίου 2005), μεταξύ του Πρόεδρου της Παλαιστινιακής Αρχής, Μαχμούτ Αμπάς και του πρωθυπουργού του Ισραήλ, Αριέλ Σαρόν, όπου συμφωνήθηκε, με αμερικανική μεσολάβηση, η κατάπαυση των εχθροπραξιών. Τα θύματα και από τις δύο πλευρές άγγιξαν τις 4.500 μαχητές και αμάχους (1.000 Ισραηλινοί και 3.500 Παλαιστίνιοι). Το κόστος της δεύτερης ιντιφάντα για τους Ισραηλινούς ανήλθε γύρω στα 40 δισεκατομμύρια δολάρια (το ⅓ του ΑΕΠ της χώρας) και για τους Παλαιστινίους γύρω στο 1 δισεκατομμύριο δολάρια (το ¼ του ΑΕΠ της χώρας).
Το 2005 σηματοδότησε την άνοδο του Μαχμούτ Αμπάς στην Προεδρία της Παλαιστινιακής Αρχής, την κοινοβουλευτική επικράτηση της «Χαμάς» και την αποχώρηση των Ισραηλινών στη Λωρίδα της Γάζας. Το επόμενο μεγάλο επεισόδιο της ισραηλινο-παλαιστινιακής διαμάχης θα είναι ο πόλεμος της Γάζας, που ξεκίνησε στα τέλη του 2008.
